“十三五”時期，財政部完善政府預算體系，加大三本預算統籌力度；推進跨年度預算統籌協調，健全完善中央對地方轉移支付制度，持續推進部門預算管理和改革等，預算管理制度改革取得了豐碩成果。
加大三本預算統籌力度
一是加大政府性基金轉列一般公共預算力度。對政府性基金預算中未列入政府性基金目錄清單的收入項目，除國務院批準的個別事項外，逐步調整轉列一般公共預算。“十三五”期間，將8項政府性基金預算項目轉列一般公共預算。二是建立將政府性基金預算中應統籌使用的資金列入一般公共預算的制度機制。按照政府性基金預算結轉資金規模超過該項基金當年收入30%的部分應補充預算穩定調節基金統籌使用的原則，2016—2019年，中央政府性基金共計補充預算穩定調節基金251.76億元。三是不斷提高中央國有資本經營預算調入一般公共預算比例，更多用于保障和改善民生支出。2016年調入比例為19%，調入金額246億元；2017年調入比例為22%，調入金額257億元；2018年調入比例提高到25%，調入金額321億元；2019年調入比例提高到28%，調入金額390億元；2020年調入比例提高到30%，調入金額578億元，5年累計調入金額達1792億元。
推進跨年度預算統籌協調
建立跨年度預算平衡機制。一般公共預算通過調入和補充預算穩定調節基金，促進年度預算平衡。政府性基金和國有資本經營預算超收收入結轉下年安排支出。根據經濟形勢發展變化和財政政策逆周期調節的需要，建立跨年度預算平衡機制。實施中期財政規劃管理。試點編制了2016—2018年、2017—2019年、2018—2020年、2019—2021年四輪全國中期財政規劃，對未來3年重大財政收支情況進行分析預測，對規劃期內一些重大改革、重要政策和重大項目，研究政策目標、運行機制和評價辦法，強化財政規劃對年度預算的約束性。指導中央部門編制三年滾動支出規劃，實行逐年滾動管理。引導地方省級政府推進中期財政規劃管理，提高財政預算的前瞻性和可持續性。
健全完善中央對地方轉移支付制度
優化轉移支付分類。在不改變中央和地方及地區間分配格局的前提下，將現有轉移支付優化整合為一般性轉移支付、共同財政事權轉移支付、專項轉移支付三大類。其中，一般性轉移支付主要用于均衡地區間財力配置，保障地方日常運轉和加快區域協調發展；共同財政事權轉移支付主要用于履行中央承擔的共同財政事權的支出責任，保障地方落實共同財政事權領域支出政策所需財力；專項轉移支付主要用于貫徹落實中央重大決策部署和引導地方干事創業，重點保障中央大政方針的有效落實。根據預算法有關規定，共同財政事權轉移支付暫列在一般性轉移支付中。加強轉移支付管理。對于一般性轉移支付，促進分配因素簡化，政策目標單一；對于共同財政事權轉移支付，探索實行清單管理，明確每項支出的保障范圍和支出標準，并建立標準控制機制，加強對有關數據異常變化地區的核查；對于專項轉移支付，細化并嚴格執行資金管理辦法，健全定期評估機制，并推進預算公開。
持續推進部門預算管理和改革
積極構建以三年支出規劃為牽引，以項目庫為基礎，以預算評審、預算監管和績效管理為支撐，以優化資源配置、保障重點和提高效率為導向的部門預算管理框架。自2016年起，實行中期財政規劃管理，將預算編制年限由1年增加至3年，強化支出規劃對年度預算的約束和指引作用。建立并做實項目庫，列入預算安排的項目必須從項目庫中選取。加強項目立項管理，強化項目支出預算與支出政策的銜接匹配。建立項目預算評審制度，擴大評審范圍，部門評審項目覆蓋率從2015年的10%提高到2019年的100%；強化評審結果應用，將財政預算評審結果與預算安排掛鉤。建立重大項目動態清理評估機制，推動部門調整完善支出政策，改變項目支出只增不減的固化格局。健全基本支出標準體系，擴大基本支出定員定額管理范圍，完善定額標準調整機制，保障機構正常運轉和履職需要。硬化剛化預算約束。從嚴控制追加部門預算，規范代編預算使用程序，執行中需要動用代編預算的，須報國務院批準后下達。建立盤活存量資金長效機制，完善結轉結余資金管理，將部門結余資金全面收回財政，加大存量資金消化力度，提高財政資金使用效率。
實施支出經濟分類科目改革
2018年1月1日起正式全面實施《支出經濟分類科目改革方案》。形成兩套支出經濟分類科目體系。依據政府職能、預算管理和改革需要，增加設置一套政府預算支出經濟分類科目，服務于政府預算管理；以現有支出經濟分類科目為基礎，進行適當調整、歸并、增減，形成新的部門預算支出經濟分類科目，服務于部門（單位）的預算管理。簡明設置政府預算支出經濟分類科目，滿足政府預算管理和人大審議預算需要。如政府預算支出經濟分類科目中的款級科目“辦公經費”對應部門預算支出經濟分類科目中的“辦公費”“印刷費”等14個款級科目。政府預算支出經濟分類科目分設機關、事業單位和涉企支出經濟分類科目，既有利于落實嚴格機關經費管理的各項制度規定，也有利于配合目前正在推行的事業單位改革、中央財政科研項目經費管理改革等，進一步規范政府對企事業單位的補貼行為。強化支出經濟分類科目應用，完善預算管理機制。預算編制環節，在按部門預算支出經濟分類批復部門預算的基礎上，將政府預算支出經濟分類一并批復。預算執行環節，部門如需對政府預算支出經濟分類科目進行調劑的，應當按財政部門規定辦理。決算編制環節，部門決算編制使用部門預算支出經濟分類，以部門預算會計核算數據為基礎生成，政府決算編制使用政府預算支出經濟分類，以財政總預算會計數據為基礎生成。
全面推進預算績效管理
系統構建預算績效管理制度框架。財政部印發了《中央部門預算績效運行監控管理暫行辦法》《項目支出績效評價管理辦法》《政府和社會資本合作（PPP）項目績效管理操作指南》等多項制度辦法，逐步構建起預算績效管理制度框架。加快構建全方位預算績效管理格局。夯實政策和項目績效管理基礎，組織對所有中央本級項目、中央對地方專項轉移支付、中央與地方共同事權轉移支付全面實施績效管理。研究開展部門整體績效管理，探索開展地方財政運行綜合績效評價。著力建立全過程預算績效管理鏈條。加強績效目標管理，實現績效目標與預算同步申報、同步審核、同步批復下達；組織中央部門對所有本級項目實施績效運行監控；加強績效自評結果規范性審核，提升績效自評質量；建立財政評價常態化機制，選擇重點民生政策和重大項目開展績效評價，2016年以來共計200多項，涉及年度預算金額約2萬億元。不斷完善全覆蓋預算績效管理體系。2017年以來，績效管理范圍已涵蓋一般公共預算、政府性基金預算、國有資本經營預算，覆蓋中央本級項目、中央與地方共同財政事權轉移支付以及專項轉移支付，并逐步向政府投資基金、政府購買服務、政府和社會資本合作（PPP）項目、政府性融資擔保機構等領域延伸。大力推動績效結果應用。組織各中央部門將績效目標審核、績效自評、財政和部門評價結果作為預算安排的重要依據，壓減低效無效資金。在研究制定或修訂各項轉移支付資金管理辦法時，將轉移支付資金分配與績效評價結果掛鉤。加大績效信息公開力度。將績效目標、績效自評結果、重點績效評價報告等績效信息提交本級人大，并穩步推動績效信息向社會公開，主動接受社會監督，促進部門和資金使用單位提高績效管理水平。
穩步推進預算公開工作
近年來，財政部積極推進預算公開工作，著力強化頂層設計、健全制度體系、推動中央預決算公開、指導地方預決算公開，預算公開范圍不斷擴大、內容不斷細化，取得實質性進展。加強頂層設計。推動修訂預算法，報請國務院印發《關于深化預算管理制度改革的決定》，建立預算公開的基本制度；報請中辦、國辦印發《關于進一步推進預算公開工作的意見》，規范和推進預決算公開工作。完善制度體系。印發《地方預決算公開操作規程》《財政預決算領域基層政務公開標準指引》等制度規定，壓實公開職責，統一規范公開時間、公開內容、公開方式等內容，推動中央部門和地方在預決算公開各環節建立相應制度規范。推動中央預決算公開。從中央財政看，公開范圍不斷拓展，2020年，公開當年中央預算29張表、2019年全國財政決算46張表。從中央部門看，2020年，102個中央部門公開了部門預算，102個中央部門全部說明了貫徹落實過緊日子要求壓減支出等情況，71個中央部門公開了83個項目的項目文本，97個中央部門公開了109個項目的績效目標表。指導地方做好預決算公開工作。建立地方預決算公開情況統計上報機制，將地方預決算公開情況納入中央財政對地方財政工作考核體系。據統計，地方各級政府2019年預算和2018年決算公開率分別為100%和99.7%；其中，省級、地市級、縣級政府2019年預算公開率均為100%，2018年決算公開率分別為100%、99.78%、99.68%。